Em regra, o SIS não reembolsa vacinas de qualquer espécie por previsão regulamentar (art. 37 do Regulamento do SIS). Contudo, quando há alto índice de infecções causadas por vírus – como foi a pandemia de covid e, agora, a emergência em saúde pública por dengue – o SIS estimula a vacinação oferecendo dividir a despesa com seus beneficiários por meio de pagamento com coparticipação.

Gripe

Nos anos 2022 e 2023, a vacinação contra gripe era importante não apenas por sua eficácia em diminuir o alcance da influenza, mas também para evitar que os pacientes de covid menosprezassem a capacidade de contaminação de cepas altamente transmissíveis da pandemia pensando estarem com gripe. Por isso o Conselho de Supervisão do SIS autorizou o reembolso da vacina de gripe durante aquele período. Desde 1 de janeiro de 2024 não é possível o reembolso.

Ainda não há previsão de vacinação gratuita de gripe no Bloco 17 (antiga SAMS). Essa campanha ocorre quando o Senado Federal ganha lotes do imunizante doados pelo Instituto Butantã, o que ainda não aconteceu em 2024

Dengue

Em 2024, o plano reembolsa o imunizante da dengue (Qdenga)até o limite de R$ 360,00 quando apresentada nota fiscal emitida após 1 de  janeiro de 2024. Desse valor, é descontada coparticipação de 30%.